「ウルトラマンは善なのか悪なのか…」

悩む進次郎のもとへN.Y.にいるはずのレナが現れる。突然の来訪に浮かれる進次郎だが、レナは何か相談したいことがあるようで…。一方その頃、異星人による連続殺人事件が発生していた。この事件を巡り、科特隊、警察のみならず謎の民間科学捜査機関も動き始めていた――。